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壳聚糖分子中具有活性的-NH2侧基，可以通过化学方法被酸化成盐、导入羟基，得到具有水溶性、醇溶性、表面活性等各种功能的壳聚糖衍生物材料。活性的-NH2，侧基还可以先与过渡金属离子形成配合物，然后交联制备具有模板剂记忆力和选择吸附性能的壳聚糖衍生物材料，这类材料具有良好的血液相容性、生物相容性、生物官能性，在医学领域对细胞组织不产生毒性。

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制备有确定结构的壳聚糖衍生物对于材料制备来说是至关重要的，可以得到性能更好的功能材料，如N-邻苯二甲酰化壳聚糖的选择性反应，将壳聚糖DMF悬浮液与过量的邻苯二甲酸酐加热反应，生成O，N二种邻苯二甲酰化产物，但是邻苯二甲酰胺在甲醇和钠作用下活性较高，易发生酯交换反应，O位置上的酰基离去，从而反应体系中只剩下N邻苯二甲酰壳聚糖。N-邻苯二甲酰基可用于保护壳聚糖的氨基，在壳聚糖的选择性取代反应中有重要应用。

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甲壳素在反应中生成带正电荷的阳离子基团，这是自然界中存在的带正电荷的可食性食物纤维。甲壳素食物纤维单独食用是不易被消化吸收的，如果与牛奶、鸡蛋、蔬菜、植物性食品等一起食用就可以被吸收，这是因为在壳糖胺酶、去乙酰酶（在植物和肠内细菌中存在）、溶菌酶（体内存在）及卵磷脂（牛奶、鸡蛋中存在）等共同作用下甲壳素可以被分解成寡聚糖，低相对分子质量的寡聚糖可以被吸收，吸收部位主要在大肠。

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纯甲壳素和纯壳聚糖都是一种白色或灰白色半透明的片状或粉状固体，无味、无臭、无毒性，纯壳聚糖略带珍珠光泽。生物体中甲壳素的相对分子质量为1×106～2×106，经提取后甲壳素的相对分子质量约为3×105～7×105，由甲壳素制取壳聚糖相对分子质量则更低，约2×105～5×105。在制造过程中甲壳素与壳聚糖相对分子质量的大小，一般用粘度高低的数值来表示。商品壳聚糖视其用途不同有三种不同的粘度，即高粘度产品为0.7～1Pa·s、中粘度产品为0.25～0.65 Pa·s、低粘度产品<0.25 Pa·s。制造纤维产品必须采用高粘度的甲壳素或壳聚糖。